®StudioとShiny服务器

为数据科学家们量身定做の专业统计软件 — ®Studio服务器

文摘简介

前阵子受堰平兄邀请分享R语言教程，俺顿时萌起工欲善其事，必先利其器以及身为剑士の日本武士精神，剑在人在，剑亡人亡の念头。今儿特此分享一下为数据科学家们量身定做の随身（无论何时何地，只要可上网便可使用）专业数据分析统计软件，如何在虚拟操作系统上安装®Studio服务器，由于比较起半年前使用AWSの ®Studio AMI，这 DigitalOcean.com 价廉物美，故此在下选择使用 DO。

然而®Studio AMI作者Louis Aslett已设置好所有设定，您只需区区几个按键即可使用（虽两者都需要付月租，而自然手动安装，没有管理员权限，每个月得付月租）。倘若您有安卓行动电话，亦可直接到GooglePlay签购®Instructor，作者Shidan Murphy在安卓应用上整合了一些统计学相关の资讯与R语言相关程序包の应用，除了版本未维修以及得与所有®Intrsuctor共用（同一个时间只能有一个用户登入该收费应用提供の一个免收费®Studio服务器）之外，基本上确实挺不错の。在此简略比较一下俺使用过の软件：

种类	简易性	权限自主权	收费	额外服务
DigitalOcean	手动由始开始安装	所有自主权，可以自行添加任何会员	月租由5美元起	支持大数据分析
®Studio AMI	直接选择已有选项安装	只能根据作者设置，没有管理员权限	有月租，并征收额外不知名费用	支持大数据分析
®Instructor	无需安装，直接使用	作者已多时没有维修，已过时版本 并无权限	一次签购低于10美元	软件附有统计学与基本R语言教程

table-0.0.1 : comparison of used ®Studio server

第1.章 : 设置网络服务器

• 第1.1章 : 选择网络虚拟操作系统
• 第1.2章 : 选择网络服务器
  • nginx网络服务器の设定

第1.1章 : 选择网络虚拟操作系统

首先您可以网络选择虚拟操作系统，何谓网络服务器在下就不多说。今儿就介绍一下这 DigitalOcean.com，您亦可选择：

• ®Studio AMI
• Azure（可观看Data Science with Microsoft Azure Machine Learning, Microsoft SQL Server and R视频教程）
• Revolution R Enterprise（可观看Microsoft unwraps a big-data analytics platform based on R视频教程）

对于数据科学有兴趣の学者们，建议登门造访堰平兄旗下の雪晴数据网报名修读免收费课程。

figure-1.1.1 : create a droplet

上图模拟着如何新建个虚拟操作系统，而已建ip地址46.101.160.242のxueqing是本教程讲解の样本。

当我们谈及虚拟操作系统或者服务器，Linux开源操作系统绝对是首选，因为它在这领域の研发与功能远远超过WindowsとMac，而且还有许多程序包可以读取使用。

大约几分钟时间建立了Droplet后，系统将会显示个ip地址：46.101.160.242（好比您の虚拟公司地址），然后建议您造访PuTTY 网站，并下载个独立工具来管理网络构建の虚拟操作系统，您亦可直接在网站上运行代码。您亦可在Saved Sessions随意填写个名字后Save，以方便以后每次打开PuTTYの时候，直接选择该Session后Load，那么就无需时时记得ip，每次都得输入ip。

figure-1.1.2 : PuTTY - SSH

第1.2章 : 选择网络服务器

登入默认/原始用户root后，您可以先行创建个用户，修改密码后再给予管理权。倘若想了解执行命令代码详情，请参阅第[3.章 : CentOS 7用户账户配置]。

[root@xueqing ~]# adduser yugawa
[root@xueqing ~]# passwd yugawa
[root@xueqing ~]# gpasswd -a yugawa sudo
[root@xueqing ~]# visudo

在visudo或者vi /etc/sudoers后，寻找以下代码：

## Allow root to run any commands anywhere
root ALL=(ALL) ALL

然后在其代码添加一行，给予用户yugawa与root一样同享最高管理权限：

yugawa ALL=(ALL) ALL

点击键盘上のEsc后:wq=储存并退出后（:q!=不储存而退出）。委任并授权了一位管理员后，再来就交给管理员处理了。有关CentOS 7服务器设置之相关详情，请参阅Initial Server Setup with CentOS 7。

[root@xueqing ~]# su - yugawa

有关su于sudo su之别，详情请参考：

• Is “sudo su -” considered a bad practice?
• Difference between su and sudo su

目前您可以尝试通过浏览器登入在DO所建立，然而由于该虚拟操作系统尚未安装网络服务器，所以您将会看到以下错误信息：

figure-1.2.1 : droplet ip webpage not available

由于CentOSとRed Hat都是Red Hat Enterprise Linux旗下所属并维修の开源软件，而Linux众多资源库下のepel资源库比较方便使用，并且为大多数人使用，例如程序员熟悉のMySQL、php、nginxとR等。故此，我们先行安装epel资源库并且更新虚拟操作系统。

[yugawa@xueqing ~]$ sudo yum install -y epel-release
[yugawa@xueqing ~]$ sudo yum update -y

您可以参阅以下文章比较，或者直接选择您想要安装の网络服务器，而在下选择使用nginx。

• Comparison of the usage of Nginx vs. Tomcat for websites
• Apache vs Nginx: Practical Considerations

一般上，您可以在Linux操作系统使用默认黑白编译器vi或者安装个彩色编译器vim，以方便您修改文件属性。

[yugawa@xueqing ~]$ sudo yum install -y vim

倘若您想要安装最新版本のnginx，可以运行以下代码：

[yugawa@xueqing ~]$sudo vim /etc/yum.repos.d/nginx.repo

然后再把以下代码拷贝粘贴到文档内储存。

[nginx]
name=nginx repo
baseurl=http://nginx.org/packages/mainline/centos/$releasever/$basearch/
gpgcheck=0
enabled=1

点击键盘上のEsc后:wq=储存并退出后（:q!=不储存而退出），可以开始安装网络服务器了。

[yugawa@xueqing ~]$ sudo yum install -y nginx

倘若您有设置防火墙导致无法运行nginx，您可以尝试运行以下代码或查阅How To Install Nginx on CentOS 7以了解更多详情。

[yugawa@xueqing ~]$ sudo systemctl start nginx

[yugawa@xueqing ~]$ sudo firewall-cmd --permanent --zone=public --add-service=http 
[yugawa@xueqing ~]$ sudo firewall-cmd --permanent --zone=public --add-service=https
[yugawa@xueqing ~]$ sudo firewall-cmd --reload

安装完毕后，您在尝试登入，目前您将看到以下页面，表示您の网络服务器已经成功建立。

figure-1.2.1 : nginx-welcome-webpage

而目前您可以通过以下代码，自行启动、停止或者重启您自个儿建立の网络服务器。有关systemctl，请参阅第3.5章 : 用户安全配置。

[yugawa@xueqing ~]$ sudo systemctl nginx stop
[yugawa@xueqing ~]$ sudo systemctl nginx start
[yugawa@xueqing ~]$ sudo systemctl nginx restart

nginx网络服务器の设定

• 您の默认文件应该在路径/usr/share/nginx/html/index.html，倘若您想要修改该页面，可以sudo vim /usr/share/nginx/html/index.html
• 有关nginx网络服务器の设定文件默认路径应该位于/etc/nginx/nginx.conf，您可以随意/自行修改设置。

figure-1.2.2 : sample editing webpage content

第2.章 : 安装R、®StudioとShiny服务器

• 第2.1章 : 安装R
• 第2.2章 : 安装R服务器中の程序包
• 第2.3章 : 安装®Studio服务器
  • 自动读取程序包
• 第2.4章 : 安装Shiny服务器
  • Shiny服务器设置

第2.1章 : 安装R

就如之前所说，Red HatとCentOS操作系统のR语言统计软件收集在epel资源库中，您目前可以安装资源库中最新版本のR（CRAN目前维护のLinux版R，请查阅此处）。

[yugawa@xueqing ~]$ sudo yum install -y R

然后您R --version一下，您就知道所安装のR版本。

[yugawa@xueqing ~]$ R --version

检验了R版本后，您需要稍微调整一下R服务器。基于在下亦时常遇到记忆体容量有限の障碍，故此事先为R添加个swap腾空出1Gの记忆体容量，以防安装R程序包出现容量不足の困境。

[yugawa@xueqing ~]$ sudo /bin/dd if=/dev/zero of=/var/swap.1 bs=1M count=1024
[yugawa@xueqing ~]$ sudo /sbin/mkswap /var/swap.1
[yugawa@xueqing ~]$ sudo /sbin/swapon /var/swap.1
[yugawa@xueqing ~]$ sudo sh -c 'echo "/var/swap.1 swap swap defaults 0 0 " >> /etc/fstab'

然后free -m检查一下您所修改の是否已经更新，您也可以df -h查看一下您の虚拟操作系统の容量使用量相关信息。

注明：

• swapの主要功能是灵活运用在容量管理上，以避免出现当机或者应用程序自动被终止。
• 倘若您の服务器时常出现run out of memory之类の错误信息，建议您直接升级该Dropletの容量。请参阅How To Add Swap on CentOS 7以了解更多swapの详情。
• DO除了可以Backup Droplet，还有个Image标签可以让用户们将SnappedのDroplet转换到别の户口或者其它地域の数据中心，请参阅How to Migrate DigitalOcean Snapshots Between Regions。

第2.2章 : 安装R服务器中の程序包

当我们提到安装R语言程序包时，Hadley Wickham 所开发のdevtools必不可少。那么，我们就先安装该程序包必备之资源库呗！

[yugawa@xueqing ~]$ sudo yum install -y libcur*
[yugawa@xueqing ~]$ sudo yum install -y libxml*
[yugawa@xueqing ~]$ sudo yum install -y openssl*

那么，现在我们就可以开始安装devtools程序包了哦！（安装过程可能大约需要好几分钟时间）

[yugawa@xueqing ~]$ su - -c "R -e \"install.packages('devtools', dep=TRUE, repos='https://cran.rstudio.com/')\""

您可能奇怪为啥不直接通过后台运行R后进入R软件平台install.packages('devtools', dep=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')安装，然后q('no')退出R平台回到Linux后台呢？

figure-2.2.1 : packages path

原因是通过后台运行su - -c "R -e \"...\""，您所安装の所有程序包都与用户root一样，将储存在/usr/lib64/R/library共享并不会出现在/home/ryoeng/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.2。 倘若您登入个别账户，比方说是登入用户yugawa后才install.packages()安装の话，该程序包都将只储存在/home/ryoeng/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.2只能该用户个人使用而已而非共用，而®Studio服务器平台内右下格子的Packages标签下の程序包将位于User Library而非System Library，请参考以下数据表：

R 程序包路径	®Studio	特征	分别	备注
/home/ryoeng/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.2	只会出现在电脑版	只有登入个别电脑才能读取程序包	安装在每一台电脑の程序包都是独立体	修改该路径中の文件，只有该电脑受到影响
/usr/lib64/R/library	电脑板と服务器版	只要是同一个服务器下の用户都能读取程序包	安装在每个用户下の程序包都是独立体	修改该路径中の文件，只有该用户受到影响
/usr/share/R/library	电脑板と服务器版	只要是同一个服务器下の用户都能读取程序包	安装在每个用户下の程序包都是共同体	修改该路径中の文件，所有用户都受到影响

table-2.2.1 : comparison of R packages path

更多详情可以参阅Where to install R packages on Linux server that are to be used by multiple users?以了解更多有关服务器共享程序包の资讯。

与往常一样，安装或修改任何东西后都记得查询核对一下结果。您可以运行以下代码来查询所安装の程序包の所在路径。

[yugawa@xueqing ~]$ su - -c "R -e \".libPaths()\""
[yugawa@xueqing ~]$ su - -c "R -e \"lapply(.libPaths(), dir)\""

您目前可以尝试安装一些与编写rmarkdown网页と数据分析基本所需の程序包。

[yugawa@xueqing ~]$ su - -c "R -e \"pkgs <- c('plyr', 'dplyr', 'stringr', 'purrr', 'magrittr', 'doParallel', 'reshape2', 'tidyr', 'googleVis', 'markdown', 'rmarkdown', 'DT', 'lubridate', 'sqldf', 'checkpoint'); devtools::install_github('berndbischl/BBmisc'); library('BBmisc'); lib(pkgs)\""

倘若以上代码无法成功安装程序包の话，原因应该是BBmisc::lib()没有设置默认の安装路径而导致出现/usr/lib64/R/library相关の错误信息，可以尝试以下命令代码。

[yugawa@xueqing ~]$ su - -c "R -e \"pkgs <- c('plyr', 'dplyr', 'stringr', 'purrr', 'magrittr', 'doParallel', 'reshape2', 'tidyr', 'googleVis', 'markdown', 'rmarkdown', 'DT', 'lubridate', 'sqldf', 'checkpoint'); devtools::install_github('berndbischl/BBmisc'); library('BBmisc'); lapply(pkgs, install.packages, dep=TRUE, repos='https://cran.rstudio.com'); lib(pkgs)\""

您也可以先安装Rdymとcheckpoint两个程序包，以方便您日后编程。

[yugawa@xueqing ~]$ su - -c "R -e \"devtools::install_github('wrathematics/Rdym')\""

您可以使用用户root，倘若您想要赋予其它用户权限以共享文件，请参阅第3.章 : CentOS 7用户账户配置。

第2.3章 : 安装®Studio服务器

安装好了R统计软件后，我们可以到®Studio官方网の®Studio服务器预先版或者®Studio服务器稳定发行版拷贝网址。

[yugawa@xueqing ~]$ wget https://s3.amazonaws.com/rstudio-dailybuilds/rstudio-server-rhel-0.99.849-x86_64.rpm
[yugawa@xueqing ~]$ sudo yum install -y --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.849-x86_64.rpm
[yugawa@xueqing ~]$ sudo yum update -y

®Studio服务器の默认端口为:8787，所以目前您需要登入（您在DO所建立のDropletのip地址）。

figure-2.3.1 : ®Studio server mainpage

当您看到以上页面の时候，代表您の®Studio服务器已经成功安装了！然后您可以使用您在该ipのDroplet中所建立の用户yugawaと密码登入。稍后の第3.章 : CentOS 7用户账户配置将讲解如何添加与删除用户，以及赋权等。

那现在就直接在®Studio服务器の登入页面输入用户名yugawa以及密码尝试登入，然后再把刚才下载のrstudio-server-rhel-0.99.849-x86_64.rpm安装器删除掉。

自动读取程序包

倘若您希望设置登入账户后，而系统会自动读取程序包の话，您可以在®Studio服务器中添加个R Script，然后把您想要读取の程序包都写进里头，再来dir.create('function')建立个function文件夹，然后将R Script命名为libs.R储存在function文件夹里头。（文件名と文件夹名可以自个儿随意填写）

## Setting to omit all warnings
options(warn=-1)

pkgs <- c('plyr', 'dplyr', 'stringr', 'magrittr', 'purrr', 'tidyr', 'devtools','lubridate', 'markdown', 'rmarkdown', 'Rdym', 'checkpoint')
suppressMessages(library('BBmisc'))
suppressAll(lib(pkgs)); rm(pkgs)

好！把以上のlibs.R文件储存后，您需要在®Studio服务器中再添加个R Script，粘贴以下代码并将该文件命名为.Rprofile储存在默认路径。（getwd()就可以知道默认路径在哪儿了）

############ Auto Load Packages ##################
## Loading the packages and setting adjustment
suppressMessages(library('utils'))
suppressMessages(source('function/libs.R'))

##################################################

注明：

• 切记您のlibs.R所在の路径，必须与.Rprofile中のsource('function/libs.R')完全一致
• .Rprofile是个R语言默认の自动读取文件，该文件没有后缀

好了！设置好之后呢，我们可以尝试点击一下®Studio服务器右上角の红色按键Quit the Current R session（或者菜单上Session标签中のRestart R选项）重启。页面刷新后尝试输入代码session_info()，倘若您刚才在libs.R文件中所列明の程序包都有出现，那么您就无需每次使用®Studio都得重复编写读取程序包了。

第2.4章 : 安装Shiny服务器

设置好®Studio服务器，目前您可以运行以下代码安装shiny程序包，倘若是开发版程序包则su - -c "R -e \"devtools::install_github('rstudio/shiny')\""。

[yugawa@xueqing ~]$ su - -c "R -e \"install.packages('shiny', dep=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')\""

接着到®Studio官方网のShiny服务器下载拷贝安装器网址，通过运行以下代码下载并安装。

[yugawa@xueqing ~]$ wget https://download3.rstudio.org/centos5.9/x86_64/shiny-server-1.4.1.759-rh5-x86_64.rpm
[yugawa@xueqing ~]$ sudo yum install -y --nogpgcheck shiny-server-1.4.1.759-rh5-x86_64.rpm

figure-2.4.1 : shiny server

类似®Studio服务器の:8787，只是Shiny服务器为:3838。安装后，您得尝试登入（您在DO所建立のDropletのip地址）。当您看到以上页面の时候，代表您のShiny服务器也成功安装了。

倘若shiny app页面上の下方出现错误信息，那么很大可能性是您忘了安装rmarkdown程序包，那么您得补回。安装后就没有错误信息了。

Shiny服务器设置

• Shiny服务器の系统日志所在の默认路径应该是/var/log/shiny-server.log
• Shiny服务器主页文件位于/srv/shiny-server/index.html，您亦可使用vim自行修改。
• 任何储存于/srv/shiny-server/路径（文件夹内）のShiny app路径将自动默认为Shiny app。举例Shiny有个默认のapp位于/srv/shiny-server/sample-apps/hello/，意味着您只需要打开网站就能直接使用。
• Shiny服务器の设定文件位于/etc/shiny-server/shiny-server.conf，您可以修改后使用sudo重启Shiny服务器。
• 您可以新建个R Markdown文件后选择Shiny，然后您会发现文件の最上方开头部分のoutput: html_document那一行代码下添加了一行代码runtime: shiny。

由于在下使用用户yugawa建立Shiny服务器，所以除了原主yugawa（と用户root）拥有权限修改设置以外，任何其它未授权の用户都无法打开该文件夹修改设置。有个方法就是在文件设置中添加个run_as yugawa（可参阅第3.5章 : 用户安全配置），不过这会造成所有用户都只能使用yugawaの文件资料库或者共用资料库，导致其中一个用户修改会影响到所有用户。

为了避免此问题，在下新建了个用户组shiny-apps后（可参阅第3.3章 : 更改用户设置），再把用户yugawa添加入shiny-apps并通过chown修改成拥有者，然后chmod赋权shiny-apps组可以读与写/srv/shiny-server下の文件。请参阅第3.5章 : 用户安全配置以了解更多详情。

[yugawa@xueqing ~]$ sudo groupadd shiny-apps
[yugawa@xueqing ~]$ sudo usermod -aG shiny-apps yugawa
[yugawa@xueqing ~]$ sudo usermod -aG shiny-apps kuribayashi
[yugawa@xueqing ~]$ cd /srv/shiny-server
[yugawa@xueqing ~]$ sudo chown -R yugawa:shiny-apps .
[yugawa@xueqing ~]$ sudo chmod g+w .
[yugawa@xueqing ~]$ sudo chmod g+s .

通过执行以上命令代码，目前用户yugawaとkuribayashi俩都加入了shiny-apps组，并且授权读と写/srv/shiny-server下の文件，那么用户yugawaとkuribayashi都可以登入®Studio服务器后，通过连接Shiny服务器而随意新建Shiny应用了。

基本上，从一开始到阅读完第二章，您の私家两台服务器——®Studio服务器とShiny服务器都已经竣工。用户可以随时登入使用了！接下来就介绍一下CentOS 7后台操作。

第3.章 : CentOS 7用户账户配置

• 第3.1章 : 认识用户
• 第3.2章 : 创建用户
  • A. 最简单の创建用户
  • B. 带参数の创建账户
  • C. 实例
• 第3.3章 : 更改用户设置
• 第3.4章 : 删除用户/组
• 第3.5章 : 用户安全配置
  • A. 设置sudoers
  • B. 权限代号4755、755と777

第3.1章 : 认识用户

此章讲解CentOS 7（您可以在CentOS 7发行手册中自选语言）用户账户の配置，包括添加用户、添加用户组、删除用户、删除用户组等。其中包括分析用户の配置文件、目录以及对安全の思考。倘若您想要学习CentOS操作系统，欢迎加入CentOS中文网与同道中人交流。

此外，CentOS 7と其他版本のLinux一样，都具有相应用户の配置文件及目录，如下：

文件配置	叙述
/etc/passwd	用户账户信息，可以看出用户名称
/etc/shadow	用户账户加密后信息，包括但不限于/etc/passwd中の信息
/etc/group	组账户信息，可以看出组名称
/etc/gshadow	组账户安全信息，包括但不限于/etc/group中の信息
/etc/default/useradd	账户创建时默认值
/etc/skel/	包含默认文件の目录，具体作用尚不清楚
/etc/login.defs	安全性の默认配置，与上面/etc/default/useradd有区别

table-3.1.1 : user management files’ path

我们先sudo vim /etc/default/useradd查看一下比较重要の配置文件，内容如下：

# useradd defaults file
GROUP=100                       //起始GID值
HOME=/home                      //家目录位置
INACTIVE=-1                     //有效时间，负值为永久，正数代表天数
EXPIRE=
SHELL=/bin/bash                 //shell路径
SKEL=/etc/skel                  //默认配置文件路径
CREATE_MAIL_SPOOL=yes           //是否创建邮件池，具体作用待以后学习

再来sudo vim /etc/login.defs瞧瞧文件，重点内容如下：

MAIL_DIR        /var/spool/mail
...

# Password aging controls:                              //密码期限配置
#
#       PASS_MAX_DAYS   Maximum number of days a password may be used.
#       PASS_MIN_DAYS   Minimum number of days allowed between password changes.
#       PASS_MIN_LEN    Minimum acceptable password length.
#       PASS_WARN_AGE   Number of days warning given before a password expires.
#
PASS_MAX_DAYS   99999
PASS_MIN_DAYS   0
PASS_MIN_LEN    8
PASS_WARN_AGE   7
...

# Min/max values for automatic uid selection in useradd //最小/最大UID设置
#
UID_MIN                  1000                           //我们创建の用户のUID从1000开始
UID_MAX                 60000
....

# Min/max values for automatic gid selection in groupadd
#
GID_MIN                  1000
GID_MAX                 60000
....
CREATE_HOME     yes                                     //是否创建家目录
...

# Use SHA512 to encrypt password.                       //采用SHA512加密
ENCRYPT_METHOD SHA512

从以上文件内容可见，/etc/login.defs是比较宏观の进行偏重安全方面の配置。下面是一些实际过程中常用の命令：

命令代码	叙述
useradd	添加用户
passwd	为用户设置密码
userdel	删除用户
usermod	修改用户信息
groupadd	添加用户组
groupdel	删除用户组
groupmod	修改用户组信息
groups	显示当前进程用户所属の用户组

table-3.1.2 : user management command code

第3.2章 : 创建用户

A. 最简单の创建用户

一开始の第1.2章 : 选择网络服务器中，我们已有添加个新用户，那么我们先讲解CentOS 7，以下是最基本の创建用户方式。

[root@xueqing ~]# useradd test
[root@xueqing ~]# passwd test

接着，您可以id test查看用户信息。

[root@xueqing ~]# id test
uid=1000(test)  gid=1000(test)  groups=1000(test)

我们发现testのuid=1000、gid=1000，位于test用户组，说明缺参数の新建用户，会默认新建个与用户名同名の用户组并加入其中，我们也注意到uid、gidの值与默认の配置文件中保持一致，可见配置文件是生效の，同样也可以再新建个用户，看一下uid、gidの值会是1001，可以尝试一下。我们可以切到/home目录下，会看到用户目录，与配置文件设定一致。详情可参阅CentOS 7用户账户配置或者以下几篇类似の文章：

• linux useradd(adduser)命令参数及用法详解-linux创建新用户命令
• useradd命令详解（实例）
• 第十三章、Linux 帳號管理與 ACL 權限設定

基本查看用户と组の方式如下：

[root@xueqing ~]# getent passwd
[root@xueqing ~]# getent group
[root@xueqing ~]# getent group | grep test

getent passwd=查看所有用户，getent group=查看所有组，getent group | grep test=查询用户test加入の所有用户组。然而一些用户并不设置在以上の用户组中，您亦可参阅以下链接：

• Show all users and their groups/vice versa
• Is there a command to list all Unix group names?
• How to list all users in a Linux group?

B. 带参数の创建账户

上个例子我们采用默认配置，只是设置了用户名と密码。这次我们手动设置uid、gid等。首先我们看一下，useraddの参数如下：

命令代码	涵义	叙述
-b	–base-dir BASE_DIR	新账户の主目录の基目录
-c	–comment COMMENT	新账户の GECOS字段
-d	–home-dir HOME_DIR	新账户の主目录
-D	–defaults	显示或更改默认のuseradd配置
-e	–expiredate EXPIRE_DATE	新账户の过期日期
-f	–inactive INACTIVE	新账户の密码不活动期
-g	–gid GROUP	新账户主组の名称或ID
-G	–groups GROUPS	新账户の附加组列表
-h	–help	显示此帮助信息并推出
-k	–skel SKEL_DIR	使用此目录作为骨架目录
-K	–key KEY=VALUE	不使用/etc/login.defs中の默认值
-l	–no-log-init	不要将此用户添加到最近登录と登录失败数据库
-m	–create-home	创建用户の主目录
-M	–no-create-home	不创建用户の主目录
-N	–no-user-group	不创建同名の组
-o	–non-unique	允许使用重复のUID创建用户
-p	–password PASSWORD	加密后の新账户密码
-r	–system	创建一个系统账户
-R	–root CHROOT_DIR	chroot到の目录
-s	–shell SHELL	新账户の登录shell
-u	–uid UID	新账户の用户ID
-U	–user-group	创建与用户同名の组
-Z	–selinux-user SEUSER	为SELinux用户映射使用指定SEUSER

table-3.1.2 : adduser parameters

我们尝试新建个gid=600の用户组test3，然后再新建个uid=501，gid=600，30天有效期の用户test4，而文件目录为/home/test5，命令代码如下：

[root@xueqing ~]# groupadd -g 600 test3           
[root@xueqing ~]# useradd -u 501 -g 600 -f 30 -m -d /home/test5 test4

查看用户test4の资料使用id test4，而查看用户组test3のgid则是grep test3 /etc/group。如果要查看用户组test3中有哪些用户如下：

[root@xueqing ~]# sudo yum install -y libuser
[root@xueqing ~]# lid -g test3

figure-3.2.1 : checking path

从以上图中，我们可以通过ls -l /home而知道路径/home中有7个用户组，其中test4の用户组是test3而路径位于test5文件夹，文件建立于系统时间Jan 10 04:57，然后test5文件夹中并无任何文件。

注明：

• useradd可用来建立用户账号，他とadduser命令是相同の。账号建好之后，再用passwd设定账号の密码。使用useradd命令所建立の账号，实际上是保存在/etc/passwd文本文件中。
• 需要说明の是，设定ID值时尽量要大于500，以免冲突。因为Linux安装后会建立一些特别用户，一般0到499之间の值留给bin、mail这样の系统账号。
• useradd username后，请谨记passwd username，否则没有设置密码の账号无法登入使用。倘若您忘了设置密码，您亦可3次登入失败后才设置密码。详情请参阅Is there some default password for a new user in Linux?
• 倘若您使用用户rootの时候，可以省略掉sudo，而非用户root则得添加个sudo，以下举例比较一下：

[root@xueqing ~]# useradd test6       \\ row1, works
[root@xueqing ~]# sudo useradd test6  \\ row2, works
[test@xueqing ~]$ useradd test6       \\ row3, permission error
[test@xueqing ~]$ sudo useradd test6  \\ row4, works

C. 实例

实例1:

好！我们再查看一下我们の服务器究竟有啥用户。

[root@xueqing ~]# useradd kuribayashi
[root@xueqing ~]# passwd kuribayashi

接着，您可以id kuribayashi以查看用户信息，如下：

figure-3.2.2 : create user

figure-3.2.3 : list users

figure-3.2.4 : check users details

实例2:

实例二资料来源于useradd命令详解（实例）

[root@xueqing ~]# useradd oracle -g oinstall -G dba

从以上命令代码中，您可能感觉非常诧异，为什么 g と G 这两个参数会同时存在呢？而useradd命令用到の主要参数如下：

| 命令代码 | 涵义 | 叙述 | |:————-|——————–|——————————————————————–:| | -c | comment | 指定一段注释性描述。| | -d | 目录 | 指定用户主目录，如果此目录不存在，则同时使用-m选项，能创建主目录。| | -g | 用户组 | 指定用户所属の用户组。| | -G | 用户组，用户组 | 指定用户所属の附加组。| | -s | Shell文件 | 指定用户登录のShell。| | -u | 用户号 | 指定用户の用户号，如果同时有-o选项，则能重复使用其他用户の标识号。|

通过上面の解释我们目前能清晰の知道，上面那个命令の具体意思是，新建个用户oracle，这初始属于oinstall组，且同时让他也属于dba组。

第3.3章 : 更改用户设置

您可以添加个新の用户组，然后将该用户组赋权，才来分配用户，那么只要是在该用户组の用户都能享有同样の权限。我们就尝试修改一下用户组test3の权限呗！

[root@xueqing ~]# test3

不同の用户需要不同の权限，拥有不同のSHELL，是否允许登录。这个部分，就需要用到usermod命令修改用户配置。我们上个例子中创建过一个test账户，默认SHELL是/bin/bash，是可以登录の。

-s 指定shell，禁止用户test登录：

[root@xueqing ~]# usermod -s /sbin/nologin test

-l 新の用户名，修改用户test用户名：

[root@xueqing ~]# usermod -l test88 test

此外还可以添加目录、过期天数、更换组、锁定用户、解锁用户等功能，可以查看参数实践。

注明：

有关第3.3章 : 更改用户设置，暂时先参阅以下文章：

• Linux修改文件の拥有者及组
• Linux学习笔记：用户管理と权限控制
• Linux下の用户、组、权限管理

第3.4章 : 删除用户/组

当我们创建用户/组有错误时，可能会删除用户/组，然后再重新创建。我们使用userdel命令来删除用户。执行命令：

[root@xueqing ~]# useradd test2
[root@xueqing ~]# passwd test2
...
[root@xueqing ~]# userdel test2
[root@xueqing ~]# useradd test2
useradd: warning: the home directory already exists.
Not copyingfile from skel directory  t.
Creating mailbox file: File exists

出现这个问题是因为我们删除用户时，系统为了安全起见并没有删除相关の文件以及目录。我们查看一下userdel参数：

figure-3.4.1 : delete user

在这种情况之下，我们可以使用参数-rf一并删除相关文件目录，那么就可以重新添加个全新且同名の用户了。

figure-3.4.2 : force delete user

再举例上图中の用户test正在进程13378中导致无法删除，然后使用正则表达式grep（Log out a user and delete the account）该用户の所有进程，然后killall格杀勿论且一网打尽。

[root@xueqing ~]# pgrep -u test
[root@xueqing ~]# ps -fp $(pgrep -u test)
[root@xueqing ~]# killall -KILL -u test
[root@xueqing ~]# userdel -rf test
[root@xueqing ~]# id test

可参阅How To Use ps, kill, and nice to Manage Processes in Linux以获得相关资讯。

第3.5章 : 用户安全配置

在操作系统安全中，用户权限、文件权限也是非常重要。现在就几个小点记录一下。这次目の主要有禁止用户root连接、一般用户使用sudo命令提权。我们在上个步骤figure-3.4.2 : force delete user中，删除了用户test。

A. 设置sudoers

那么现在，我们新建个用户test1然后输入su - test1转换成用户test1，接着随意输入sudo yum update -y命令时，会提示sudoers问题如下：

figure-3.5.1 : user is not sudoers

解决这个问题，我们只需要su -转换回用户root后visudo，然后在/etc/sudoers文件中添加用户test1即可（可参照第1.2章 : 选择网络服务器），代码如下：

//找到如下一行，在下面添加即可
...
root    ALL=(ALL)   ALL
test1   ALL=(ALL)   ALL   //这一行是添加の

figure-3.5.2 : add as sudoers

点击键盘上のEsc后:wq=储存并退出后（:q!=不储存而退出）。一般上您您visudo后添加就能使用sudo了，倘若您想要添加到sudo组の话，可以gpasswd -a test1 sudo如下：

figure-3.5.3 : visudo user

然后getent group sudo查看sudo组有哪些用户。而修改文件/usr/bin/sudo用户及用户组，并修改权限为代号4755，其中开头数字4代表以文件所有者执行(run_as root)：

[root@xueqing ~]# su - test1
[test1@xueqing ~]$ sudo chown root：root /usr/bin/sudo
[test1@xueqing ~]$ sudo chmod 4755 /usr/bin/sudo

上面の命令意思是，将文件/usr/bin/sudo拥有者改为root，当执行时以root身份执行，这也是4の含义。如果设置权限时，勿把代号4755 配置为代号755，否则就会出现这个错误。

figure-3.5.4 : setuid root

解决方法呢，就是刚才说の以root（uid=0）身份运行。B. 带参数の创建账户下の注明一栏也已声明：倘若您使用用户rootの时候，可以省略掉sudo，而非用户root则得添加个sudo。

B. 权限代号4755、755と777

接下来会再讲解权限代号4755、755と777之间の分别

figure-3.5.5 : chown sudoers

chmod是Linux下设置文件权限の命令，后面の数字表示不同用户或用户组の权限。一般是三个数字：

• 第一个数字表示文件所有者の权限
• 第二个数字表示与文件所有者同属一个用户组の其他用户の权限
• 第三个数字表示其它用户组の权限。

权限分为三种：读（r=4），写（w=2），执行（x=1）。综合起来还有可读可执行（rx=5=4+1）、可读可写（rw=6=4+2）、可读可写可执行(rwx=7=4+2+1)。

以此类推，chmod 755设置用户の权限为：

• 文件所有者可读可写可执行(rwx=7=4+2+1)
• 与文件所有者同属一个用户组の其他用户可读可执行（rx=5=4+1）
• 其它用户组可读可执行（rx=5=4+1）

chmod 4755与chmod 755の区别在于开头多了一位，这个4表示其他用户执行文件时，具有与所有者相当の权限。例如：用户root创建了一个上网认证程序netlogin，如果其他用户要上网也要用到这个程序，那就需要用户root运行chmod 755 netlogin命令（注明：倘若您使用用户rootの时候，可以省略掉sudo，而非用户root则得添加个sudo。）使其他用户也能运行netlogin。

然而netlogin执行时可能需要访问一些只有用户root才有权访问の文件，那么其他用户执行netlogin时可能因为权限不足，导致依然不能上网。这种情况下，就可以用chmod 4755 netlogin设置其他用户在执行netlogin也有root用户の权限，从而顺利上网。

chmod 777就是rwxrwxrwx，意思是该登录用户（可以用命令id查看）、他所在の组と其他人都有最高权限。

目前您可以随意输入以下命令代码查看chmod可以添加什么参数：

[root@xueqing ~]# chmod --help
[root@xueqing ~]# chmod 4755 --help
[root@xueqing ~]# chmod 755 --help
[root@xueqing ~]# chmod 777 --help

figure-3.5.6 : chmod-help

指令名称 : chmod 使用权限 : 所有使用者 使用方式 : chmod [-cfvR] [–help] [–version] mode file… 说明 : Linux/Unix の

那目前再查看回刚才のfigure-3.5.5 : chown sudoers，就能明白图中の权限の含义了：

[root@xueqing ~]# ls -l /usr/bin/sudo
---x--x--x  1 root  root  130720  Nov 20  15:16 /usr/bin/sudo \\未授权出现の查询结果
-rwsr-xr-x  1 root  root  130720  Nov 20  15:16 /usr/bin/sudo \\chmod 4755后の权限
-rwxr-xr-x  1 root  root  130720  Nov 20  15:16 /usr/bin/sudo \\chmod 755后の权限
-rwxrwxrwx  1 root  root  130720  Nov 20  15:16 /usr/bin/sudo \\chmod 777后の权限

您可以参阅以下两篇文章，以了解更多详情：

• Linux chmod 755/777/4755
• chmod 命令——chmod 755与 chmod 4755, chmod 777区别

在实际环境中，为了防止黑客对用户root进行暴力破解，我们通常禁止root账户SSH远程连接。操作如下：

//修改 /etc/ssh/sshd.config 文件，
将
#PermitRootLogin yes
修改为
PermitRootLogin no

//重启sshd服务
systemctl restart sshd.service

CentOS 7取消了service用法，尽管部分情况下还可以使用。systemctl是一个systemd工具，主要负责控制systemd系统と服务管理器。有关更多systemctl详情，请参阅：

• C6.5與C7の一些差異與 systemctl の介紹
• systemctl 命令完全指南
• CentOS中文网

第4.章 : 项目管理

• 第4.1章 : GitHub简介
• 第4.2章 : 源代码文件管理
• 第4.3章 : 美化网址
• 第4.4章 : 范例

第4.1章 : GitHub简介

提及项目管理，您可以在®Studioの左上角のFile菜单中选择New Project，或者右上角の

倘若您希望管理您のGitHub账户，可以安装个su - -c "R -e \"devtools::install_github('cscheid/rgithub')\""。

第4.2章 : 源代码文件管理

第4.3章 : 美化网址

sudo vim /etc/nginx/sites-enabled/default

location /shiny/ {
  proxy_pass http://127.0.0.1:3838/;
}

location /rstudio/ {
  proxy_pass http://127.0.0.1:8787/;
}

sudo service nginx restart

第4.4章 : 范例

• R語言の工程面
• ETL on R

第5.章 : ®Studio 简介

• 第5.1章 : 认识と掌握®Studio
• 第5.2章 : 统计学とR

第5.1章 : 认识と掌握®Studio

前阵子阅读了Mastering ®Studio Develop Communicate and Collaborate with R后，觉得该书本内容非常及时（新书2015年刚发行不久の缘故），而且内容非常实用，故此也分享一下该书，很中肯の介绍了如何安装、功能介绍、如何使用®Studio甚至是遇到疑难杂症の时候，可以到哪儿寻找高手求助或者与业界人士交流等。

• ®Studio 相关书籍
• Reproducible Research with R and ®Studio (2nd Edition)
• Dynamic Documents with R and knitr (2nd Edition)
• Mastering ®Studio Develop Communicate and Collaborate with R
• Computational Statistics using R and ®Studio - An Introduction for Scientists
• Using R and ®Studio for Data Management - Statistical Analysis and Graphics (2nd Edition)

第5.2章 : 统计学とR

• Statistics with ®Studio and Shiny
• i love stats

第6.章 : 附录

• 第6.1章 : 文档建立
• 第6.2章 : 感言と幕后制作花絮
  • 感言の言葉
  • 幕后制作花絮与NG
• 第6.3章 : 参考文献

第6.1章 : 文档建立

作品与作者资料详情：

• File creation date: 2016-01-08
• R version 3.2.3 (2015-12-10)
• R version (short form): 3.2.3
• rmarkdown package version: 0.9.2
• File version: 1.0.0
• File latest updated date: 2016-01-12
• Author Profile: ®γσ, Eng Lian Hu
• GitHub: Source Code
• Additional session information

[1] “2016-01-12 04:53:08 EST” setting value
version R version 3.2.3 (2015-12-10) system x86_64, linux-gnu
ui X11
language (EN)
collate en_US.UTF-8
tz America/New_York
date 2016-01-12
sysname “Linux” release “3.10.0-123.8.1.el7.x86_64” version “#1 SMP Mon Sep 22 19:06:58 UTC 2014” nodename “scibrokes” machine “x86_64” login “unknown” user “ryoeng” effective_user “ryoeng”

第6.2章 : 感言と幕后制作花絮

感言の言葉

首先呢，在下非常感谢Dean Attaliの参考文献，该作者专研网络服务器と发表多篇相关文章。 大约半年多未在富士权禄工作之前，由于平时喜欢使用行动电话随时随地可以阅读电子书，机缘巧合之下安装了®Instructor。然后因由版本迟迟未更新并且权限问题，在作者Shidan Murphyの介绍之下开始认识Louis Aslett并使用®Studio AMI，由于月收费超过万元实属离谱。之后机缘巧合认识相较便宜很多のDO，并在益辉兄の推荐下，草草略读了Dean Attaliの部落格几天就建了个®Rstudio服务器，不过设置用户权限と美化网址等部份频频遇到故障，跌跌撞撞地就二话不说先着手Betting-Strategy-and-Model-Validation。

然后DigitalOcean Tutorials提供了一个交流平台，多名DO用户于此分享了许多自身学习并实用の文章。由于时间紧凑，故此一些错误画面，在下暂时就只能姑且睁一只眼闭一只眼带过一些问题。然而之后会录制个视频教程与雪晴数据网の学者们分享。

由于桌面版®Studio并不方便，在下大约6个月前开始学习如何设置®Studio服务器，也想と学者们分享上个月阅读了Mastering ®Studio Develop Communicate and Collaborate with R。

虽然使用了好几天の时间不断の多次修改文章，翻查以及搜索并核对、校对代码と可行性，是为了确保所有代码と知识分享都是实用且可行の。

学海无涯，唯勤是岸，由于在下也是边学边分享（充实自己、以防它日忘记之余，也可以了解自己の能力以及慢慢学习成长）以及学以致用，可能会出现班门弄斧の窘境。故此特别声明，倘若文章中有何出错，敬请诸位包涵并指点，在下会再继续努力。再次谢谢。

僕はいつも明治維新の理念と日本の美の概念を座右の銘になってるさあ，いつまでも一生懸命に学び続けなれば幸いです。皆さん，どうもありがとうございました。

幕后制作花絮与NG

在此与大伙儿分享幕后の每一分努力，也警惕一下自己没有最好，只有更好。

• 本文章中，当一提及新の术语の时候，一般上都有添加可参阅链接，以方便学者可以立刻参考该术语の含义与应用等切确と相关资讯。
• 在figure-1.1.1 : Create Droplet中注册のxueqing2，是再次测试xueqingと此教程而设。以确保质量管理。不过在下并不担心Scibrokes®の后台ip一览无余，因为都已经做足备份と随时可以修复、搬迁甚至新建新平台。只求有心人可以参阅本文章后，自行安装私家服务器，别再做些损人不利己の坏事儿了，阿弥陀佛。
• 
• 正文中嵌入の代码都会呈现灰色背景颜色，以方便分辨那是可以运行の代码—-电脑语言。
• 您可以发现figure-2.3.1 : ®Studio server mainpage 中の.Rhistory时间比下载rstudio-server-rhel-0.99.849-x86_64.rpmの时间较早几分钟时间，那是由于在下事先测试了一下才录制gif文件，却又忘了删除该文件。倘若是首次登入，绝对不会有.Rhistory文件存在。
• 由于网络服务器系统一般上需要许多用户，故此在下特地参阅并测试了CentOS 7用户账户配置文章中の代码是否有误。
• 在一些代码测试运行后却又无法有效实现/呈现应有の效果の问题上，都划上删除横杠符号，以方便它日温习并修正。
• 第3.4章 : 删除用户/组以及figure-3.4.2 : force delete user省略了设置密码passwd test2，因为只是测试删除用户怎么操作。
• figure-3.5.4 : setuid root中出现个没有使用sudo错误信息并不与资参考料来源CentOS 7 用户账户配置一致，所以此教程中多次强调非用户root必须使用sudo,运行了才出现该错误信息。（小贴士：所以所有参考资料来源，都必须经过测试と检验，合格了才能使用）

第6.3章 : 参考文献

• Initial Server Setup with CentOS 7
• How To Add and Delete Users on a CentOS 7 Server
• How To Edit the Sudoers File on Ubuntu and CentOS
• How to Add a User and Grant Root Privileges on CentOS 7
• How To Install The Latest Version Of Nginx On CentOS 7
• How To Install Nginx on CentOS 7
• Comparison of the usage of Nginx vs. Tomcat for websites
• Apache vs Nginx: Practical Considerations
• How To Add Swap on CentOS 7
• Set Up Shiny-server on www.digitalocean.com
• How to get your very own RStudio Server and Shiny Server with DigitalOcean
• CentOS 7用户账户配置
• Linux chmod 755/777/4755
• chmod 命令——chmod 755与 chmod 4755, chmod 777区别
• Explorable, multi-tabbed reports in R and Shiny
• Reproducible Research with R and ®Studio (2nd Edition)
• Dynamic Documents with R and knitr (2nd Edition)
• Mastering ®Studio Develop Communicate and Collaborate with R
• Computational Statistics using R and ®Studio - An Introduction for Scientists
• Using R and ®Studio for Data Management - Statistical Analysis and Graphics (2nd Edition)

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